Причина в том, что в обычное реле встроена защита, которая позволяет обнаружить факт перегорания лампочки.
Когда лампочка перегорит - у нее резко увеличится сопротивление.
У светодиода сопротивление гораздо больше, чем у обычной лампочки. Соответственно, когда включен светодиод - реле "думает", что перегорела лампочка и обычно начинает очень часто моргать.
После "апгрейда" реле, которое я изложил - реле будет все-равно каково сопротивление подключенных лампочек. Моргать оно будет со штатной скоростью при любых раскладах.