"Настраивать" - значит изменять качество смеси. Это смена главных жиклеров, положения игл, уровня топлива и положения винтов качества. "Синхронить" - значит синхронизировать, т.е. выставлять одинаковый угол исходного положения дроссельных заслонок. Синхронизация меняет положение заслонок на доли миллиметра. На больших оборотах заслонки открыты на 35 мм. Таким образом синхронизация или другими словами изменение положения заслонок на 0,1мм это фигня на больших оборотах. Влияет только на холостой ход и очень малые обороты. При смене стокового выхлопа на 4-4 синхронизацию нужно делать, ведь изменились условия работы каждого из цилиндров и изменились по-разному. При переходе на выхлоп с общим коллектором 4-1-4 это до одного места - сопротивление выхлопа изменилось одинаково.
Мощность потерялась потому, что пропускная способность полносильного выхлопа больше. Эффект близкий к установке прямотока без смены жиклеров. По хорошему - нужен диностенд с газоанализатором и спец по работе с ним. Можно, конечно и самому повозиться.