По идее - реально. Головки в раме снимали, но двиг пришлось на подушках опустить. Снизу можно шатуны открутить, но ввиду того что двигатель в раме и места там немного, думаю - геморроя будет не меньше. На самом деле скинуть двигатель из рамы не так уж и сложно. Вон Ювелир сам двиг вынимал для покраски. Один. Разобрал до рамы и потом тупо раму вытянул. Она намного легче движка.
По поводу стука - хрен знает. Я свой едва нашел. Можно попробовать скинуть корзину сцепления, заклеить хоть-бы и скотчем отверстие под смазку на валу, чтобы не упало давление, и завести мотор. Тем самым ты откинешь всю коробку, сцепление и его привод. Лично такое не пробовал, это так, идея пришла.
А вообще, если смотрел обгонку и втулку сцепления, убедился что это не скрежет водяной помпы и не клапана то похоже нужно лезть в двиг. Поршня по идее при нагреве расширяются и юбки не должны начинать стучать, хотя диаметры и допуски всё равно проверь. Остается палец-поршень, палец-шатун, коренные коленвала, либо опорные шатунов. Это из ЦПГ. Делать сейчас или по зиме - решай сам.